Вообще в игре сюжет свободный, но вы можете придумать для себя свой собственный сюжет, и играть по нему. Но придерживайтесь этого сюжета:

Лес... Лёгкий ветерок колышет кроны деревьев. Покемоны живут здесь в мире и согласии. И вот на горизонте появляются люди, множество молодых и талантливых тренеров, ко-ординаторов и наблюдателей. Все они изнурены походом. В их сумках уже лежит их первый покебол. Все они ступили на путь борьбы за значки и ленты. Их ждёт много битв, много тяжестей. И пройти через всё это им будет непросто. Вот поэтому, здесь, в лесу, они найдут себе друзей. Мысли каждого из них одинаковы. Это мысли "Я пройду эту Лигу! Я верю в это!". Присоединись и ты к ним, стань на путь мира покемонов. Откуда начать-решать тебе!